厌氧和好氧是制药废水生化处理过程中重要的工艺方法，根据实际情况可以单独使用，也可以联合应用。生物处理技术主要是利用微生物代谢作用，比如氧化、分解、吸附废水中可溶性的有机物和部分不溶性有机物，使得这些有机物转化为稳定的、无害的无机盐，并通过混凝沉淀技术分离过滤，从而使得污水得以净化。常用的有好氧生物氧化、兼氧生物降解、厌氧消化降解等，这些方法在废水处理中经济实用，环保节能，无二次污染。

为了加强制药废水生化处理效果，降低成本，往往将厌氧和好氧组合起来使用。在进行厌氧-好氧处理之前，必定要进行预处理。这个预处理是为了满足后端生化处理，从而提升效率。前端处理是为了使得废水的理化形状和浓度，基本或完全符合后续厌氧-好氧消化工艺的要求。比如，稳定水量，调节水质（COD、SS、pH值等）。除此之外，还要去除抑制微生物代谢的污染物，提高废水的可生化性。在制药废水处理工艺中，常用的工艺有：生物水解酸化-沉淀-混凝-过滤等。可以根据具体水量和水质的变化，适当的减少或添加处理设备。

厌氧过程主要是利用高效厌氧工艺进行处理，容积负荷高、COD去除率高、耐冲击负荷。可以减少稀释水量，比较大幅度的降低COD浓度。通常表现为厌氧塔，厌氧过程产生的废气主要是甲烷和二氧化碳，可以回收用于清洁能源。在制药废水处理过程中，优先选择的还是上流式厌氧污泥床（UASB）。将废水尽可能的均匀的引入到厌氧反应器的底部，废水会向上不断上升，中部设置有絮状活性污泥床。当废水上升到时候，通过絮状活性污泥床。厌氧反应就发生在废水污染物和絮状活性污泥之间，反应过程会产生大量的气体。这些气体在废水中形成微小气泡，携带絮状污泥一起向上到废水的表面，即厌氧反应器的顶部。

好氧处理的目的是保证厌氧出水（COD浓度为1000～4000mg/L）经处理后达标排放，同时，对高氮高COD废水，通过厌氧－好氧组合工艺还可达到脱氮的目的。从工程应用的角度推荐采用生物接触氧化、好氧流化床和序批式间歇反应器（SBR），优点是污泥不回流且剩余污泥少，基建投资和占地面积少，运行稳定且成本低于其它好氧工艺。

厌氧工艺能够承受较高的进水有机物浓度和负荷，可以降低运行能耗，回收清洁能源。但是，操作过程相对复杂，出水的COD浓度仍比较高，难以达标排放。好氧处理可以彻底的降低废水中的有机物，但高浓度的有机物不能直接进行好氧处理，需要大量清水稀释。将厌氧-好氧工艺组合起来，可以去取长补短，效果加倍。但是，在进行生化反应之前，是需要进行适当的预处理。